以種子繁殖為主，通常先播種育苗再行移栽，亦可分株繁殖。
1、采種與種子貯藏
選用移栽3～4年以後結的種子質量最好。當蓇葖果變為黃綠色時，應及時采收，避免日曬，干後，搓打出種子。黃連種子屬胚後熟類型，需經歷形態後熟與生理後熟兩個階段。促成種胚發育的溫度條件在5～20℃為適宜，種子采收後如放在冰箱(5～10℃)內層積，可在6～9月內完成形態後熟。完成形態後熟的種子，還必須在0～5℃低溫下1～3個月完成生理後熟。完成生理後熟的種子，於翌年春播種整齊出苗。因此，黃連種子需要經過一個低溫階段才能打破其休眠而發芽，在生產中種子脫粒後立即進行濕沙層積處理，置於低溫條件下貯藏，才能完成胚後熟階段。
2、播種育苗
最好整成寬130～150cm，高15cm的高畦，長10～15m為宜，四周開排水溝。每畦間溝寬40cm，深15cm。於10～11月份用經過貯藏的種子播種，由於種子細小，需用種子體積20～30倍的細腐殖質土與種子拌和均勻、撒播於畦面，然後蓋0.5～lcm厚干細腐熟牛馬糞一層。播種後一般於翌年2月份出苗。每667平方米播種2.5～3kg，可育成45萬～46萬株苗。第二年春移栽定植，按行株距10cm×l0cm，一般每667平方米栽苗6萬株左右。黃連移栽前，用5～10μl/L2，4-D溶液浸根12h，可提早20天以上生根，且根系增長速度快。
3、分株繁殖
3～4年生的植株，可進行分株，選留根莖長0.5～1cm的連苗作分株苗，栽後當年就有70％植株開花結籽。分株繁殖，有生長快、質量好的優點。
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