陰陽學說對於中醫理論體系的形成和發展起著十分重要的作用，貫穿於中醫理論體系的各個方面，指導著歷代醫家的理論思維和診療實踐。故張介賓《景岳全書》說：「醫學之要，陰陽而已。」
（一）說明人體的組織機構
根據陰陽對立統一的觀點，中醫學認為人體是一個有機的整體，其內部充滿著陰陽對立統一的關係。人體的一切組織結構，都可以依據陰陽屬性的規定，根據其所在部位、功能特點劃分為相互對立的陰陽兩部分。因此《素問·寶命全形論》說：「人生有形，不離陰陽。」由於結構層次的不同，人體組織結構的陰陽所指也有所不同。就人體部位而言，上部為陽，下部為陰；體表為陽，體內為陰。就腹背而言，背部為陽，胸腹面為陰；就肢體的內外側而言，四肢的外側面為陽，內側面為陰；就筋骨與皮膚而言，筋骨在深層為陰，皮膚居表為陽；就內臟而言，六腑傳化物而不藏精氣，故為陽，五臟化生和貯藏精氣而不瀉，故為陰。就五臟而言，心、肺位於身體的上部胸腔之中為陽，而心屬火，主溫通，為陽中之陽；肺屬金，主肅降，為陽中之陰。肝、脾、腎位於身體的膈下腹腔為陰，而肝屬木，主升發，為陰中之陽；腎屬水，主閉藏，為陰中之陰；脾屬土，居中焦，為陰中之至陰。具體到每一臟腑，又有心陰、心陽，肝陰、肝陽，胃陰、胃陽，腎陰、腎陽等。就經絡而言，十二經脈中有三陽經和三陰經的區別，奇經八脈中有陰蹺與陽蹺、陰維與陽維的不同，絡脈中有陰絡與陽絡。就氣血而言，氣為陽，血為陰；而在氣之中，營氣循行脈內為陰，衛氣循行脈外為陽。可見，人體結構中的上下、內外、表裡、前後各部分之間，以及體內的臟腑、營養物質之間，都存在著對立統一的陰陽關係，都可以用陰陽學說加以分析和認識。
（二）解釋人體的生理活動
對於人體的生理活動，中醫學也是用陰陽學說加以說明的，認為人的正常生命活動，是機體內部以及機體與環境之間陰陽協調平衡的結果，所謂「陰平陽秘，精神乃治 」（《素問 ·生氣通天論》）。如以物質與功能而言，物質屬陰，功能屬陽。人體的生理功能是以體內物質為基礎的，沒有物質的運動，就無以產生功能活動，而功能活動一方面消耗著能量與物質，另一方面其結果促進著物質的新陳代謝，有助於物質的攝入和能量的貯存。物質與功能的關係，也就是陰陽相互制約、資生、不斷消長轉化的過程。
再如人體的睡眠活動，是屬陽的興奮與屬陰的抑制兩種功能對立統一運動的結果。人在白晝，體內屬陽的興奮制約了屬陰的抑制而占主導地位，所以處於醒寤的興奮狀態；進入黑夜，體內屬陰的抑制制約了屬陽的興奮而占主導地位，所以人就進入睡眠狀態。顯然人的睡眠活動就是機體內部陰陽對立統一運動的結果。就人體物質之間的關係而言，氣和血分陰陽，屬陽的氣具有生血、行血和攝血的功能，而屬陰的血具有載氣、寓（藏）氣、養氣的作用。可見，氣血之間又體現著陰陽關係的多個層面。此外，如營衛關係、氣與精或津液關係、臟腑關係、經絡關係，也是如此。因此說「生之本，本於陰陽」（《素問 ·生氣通天論》）。
（三）解釋人體的病理變化
人體的正常生命活動，是陰陽雙方保持協調、和諧，處於動態平衡之中的結果。疾病的發生，就是這種動態平衡遭到破壞的結果。因此，陰陽失調就是中醫學對疾病發生及其病理變化的高度概括。陰陽學說用來解釋人體的病理變化，主要反映在以下兩個方面：
1．分析病因的陰陽屬性
疾病是致病因素作用於人體，引起邪正鬥爭，導致機體陰陽失調、臟腑組織損傷及機能障礙的過程。就病邪而言，可以分為陰邪和陽邪兩大類。如《素問·調經論》說：「夫邪之生也，或生於陰，或生於陽。」一般而言，六淫外感邪氣為陽邪，飲食居處、情志失調等內傷邪氣為陰邪。陰陽之中又可再分陰陽，就六淫邪氣而言，則風、暑、火（熱）邪為陽，寒邪、濕邪為陰。
2．分析病理變化的基本規律
疾病的發生發展過程就是邪正鬥爭的過程。邪正鬥爭導致陰陽失調，從而出現各種各樣的病理變化，而其主要的表現形式是陰陽的偏盛偏衰。
（1）陰陽偏盛：是指陰或陽的一方過於亢盛，對另一方制約太過所導致的病理變化。《素問·陰陽應像大論》概括為：「陰勝則陽病，陽勝則陰病。陽勝則熱，陰勝則寒。」一般而言，陰陽偏盛中盛的一方大多為致病邪氣，或者是功能活動亢奮形成的內生之邪，而偏衰的一方，往往是人體的陰液或陽氣等，屬於正氣的範疇。陽勝則熱，陽勝則陰病：陽勝是指陽邪致病，使機體機能亢奮，陽熱亢盛，臨床表現為一系列實熱徵象的病證。由於邪正之間有著對立制約的關係，陽邪亢盛必然要耗傷人體的陰液，引起人體陰液不足為病，故曰「陽勝則陰病 」。
陰勝則寒，陰勝則陽病：陰勝是指陰邪致病，使機體機能阻滯而障礙，陰寒偏盛，臨床表現為一系列實寒徵象的病證。由於陰邪與陽氣之間有著對立制約的關係，陰寒亢盛必然要損耗人體的陽氣，導致人體陽氣不足為病，故曰「陰勝則陽病 」。
（2）陰陽偏衰：是陰和陽任何一方低於正常水平的病理變化。陰陽偏衰中衰的一方總是指陰液或陽氣等，屬於正氣的範疇。由於陰陽之間對立制約的關係，無論是陰或陽不足，無力制約對立的一方，必然導致另一方相對的、虛性的亢奮。
陽虛則寒：陽虛是指體內的陽氣虛損，推動和溫煦等功能明顯下降，同時陽虛不能制約陰，則陰氣相對偏盛，臨床表現為一系列虛寒徵象的病證。
陰虛則熱：陰虛是指體內的陰液虧少，滋潤和涵養作用明顯不足，同時陰虛不能制約陽，則陽氣相對偏亢，臨床表現為一系列虛熱徵象的病證。
陰陽互損：由於陰陽之間互根互用，所以當陰陽偏衰到一定程度時，就會出現陰損及陽，陽損及陰的陰陽互損情況。所謂陰損及陽，是指陰虛到一定程度時，因陰虛不能滋養陽氣，繼而出現陽虛的現象；所謂陽損及陰，是指陽虛到一定程度時，因陽虛不能化生陰，繼而出現陰虛的現象。無論是陰損及陽還是陽損及陰，最終都導致陰陽兩虛。陰陽互損不同於陰陽偏衰，後者是陰陽互損病理過程產生的前因，屬於病理狀態；而陰陽互損則是在陰陽偏衰基礎上進一步發展的病理過程，這個病理過程所產生的結局則是陰陽兩虛的病理狀態。
總之，陰陽偏盛偏衰乃由於陰陽的對立制約及消長平衡關係失調所致，是臨床上寒熱病證的基本病機，也是陰陽失調病機的最根本的病理狀態。其中，陰陽偏盛時矛盾的主要方面是陰或陽量的絕對增加，因而制約對方的力量太過，所產生的寒證或熱證均屬於實性證候。陰陽偏衰時矛盾的主要方面是陰或陽量的絕對減少，因而制約對方的力量減弱，使對方相對偏盛，所產生的寒證或熱證均屬於虛性證候。此外，用陰陽學說解釋人體的病理變化，尚有陰陽的轉化、格拒、脫失等，具體內容參見「病機」一章。
（四）指導疾病的診斷
中醫學認為，陰陽失調是疾病發生發展變化的根本原因，由此所產生的各種錯綜複雜的疾病臨床表現都可以用陰陽加以說明。所以在診察疾病時，用陰陽兩分法歸納種種臨床表現，有助於對病變的總體屬性作出判斷，從而把握疾病的關鍵。因此《素問 ·陰陽應像大論》說：「善診者，察色按脈，先別陰陽。」
由於中醫診斷疾病的過程包括診察疾病和辨識證候兩個方面，因此，陰陽學說用於指導疾病的診斷，就主要反映在分析四診所收集的資料和概括各種證候的陰陽屬性兩個方面。
1．分析四診資料
對疾病的診斷，首先要用四診的方法收集病史資料，然後用陰陽屬性歸類的方法，概括諸如色澤、聲息、動靜狀態及脈象等。色澤分陰陽，則色澤鮮明者屬陽，色澤晦暗者屬陰。聲息分陰陽，則聲音高亢洪亮、多言而躁動者，大多屬實、屬熱，為陽；聲音低弱無力、少言而沉靜者，大多屬虛、屬寒，為陰。呼吸辨陰陽，則呼吸微弱，動則氣喘者屬陰；呼吸有力，聲高氣粗者屬陽。脈象辨陰陽，以脈位而言，寸脈為陽，尺脈為陰；據脈率辨陰陽，則數者為陽，遲者屬陰；據脈力辨陰陽，則實脈為陽，虛脈屬陰；以脈形辨陰陽，則浮、大、洪、滑屬陽，沉、小、細、澀為陰。所以，《素問 ·脈要精微論》說：「微妙在脈，不可不察，察之有紀，從陰陽始。」
2．概括疾病證候
在疾病的診察過程中，對症狀和體征的陰陽屬性劃分，大體可以概括其疾病的基本屬性。如果從疾病的部位、性質等辨其陰陽屬性，大凡表證、熱證、實證者屬於陽證；而裡證、寒證、虛證者即屬陰證。只有在總體上把握了疾病的陰陽屬性，才能把握認識疾病的關鍵，才能沿著正確的思路對疾病進行更深層次的精細分析，抓住疾病的本質。故張介賓《景岳全書·傳忠錄》指出：「凡診病施治，必須先審陰陽，乃為醫道之綱領。醫道雖繁，而可以一言蔽之者，曰陰陽而已。故證有陰陽，脈有陰陽，藥有陰陽，……設能明徹陰陽，則醫理雖玄，思過半矣。」
（五）指導疾病的防治
調理陰陽，使之保持或恢復相對平衡，達到「陰平陽秘 」狀態，是防病治病的基本原則，也是陰陽學說用於疾病防治的主要內容。
1．指導養生防病
養生，古稱「道生」、「攝生
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