黃芩主要用種子繁殖，也可用扦插和分根繁殖。
1、種子繁殖 一般採用直播，因種子細小，出苗比較困難，必須把地整好。整地前每畝施腐熟廄肥2000—3000公斤，深耕細耙，畦面要求細、平，無灌溉條件的山坡地可以不做畦。春播在3、4月，夏播可於雨季播種，也可冬播，以春播的產量最高，無灌溉條件的地方，應於雨季播種。一般採用條播，按行距25—30厘米，開2—3厘米深的淺溝，將種子均勻播入溝內，覆土約1厘米厚，播後輕輕鎮壓，每畝播種量0.50—1公斤。因種子小，為避免播種不均勻，播種時可摻5—10倍細砂拌勻後播種。播後及時澆水，經常保持表土濕潤，大約15天即可出苗，出苗後要間去過密的弱苗，當苗高6—7厘米時，按株距12—15厘米定苗，並對缺苗的地方進行補苗，補苗時一定要帶土移栽，可把過密的苗移來補，栽後澆水，以利成活。
黃芩種子小，播種時覆土又淺，常因土壤乾旱或表土不平，土粒較大，出苗困難，而導致大量缺苗。解決的辦法：首先，整地一定要整細整平;其次，播種後要及時澆水，經常保持土壤濕潤直到出苗;此外，旱地種植，應選雨季播種，也可用塑料薄膜覆蓋或用草覆蓋保墒，出苗後即可揭去覆蓋物。這樣就可以保證出苗一致整齊。
2、扦插繁殖 最適宜扦插期為5、6月份，植株正處於旺盛的營養生長期，剪取莖枝上端半木質化的幼嫩部分(莖的中下部作插條成活率很低)，剪成6—10厘米長，再把下面2節的葉去掉，保留上面葉片。插床最好用砂，或比較疏鬆的砂壤土也行。一般應隨剪隨插，按行株距10×5厘米於床內，插後及時澆水，並搭棚遮蔭，要經常噴水保持土壤濕潤，但不宜太濕，否則插條會變黑腐爛。管理得當，成活率可達90%以上，插後期40天即可移栽。
3、分根繁殖 在收穫時注意選高產優質植株，把根剪下供藥用，留下根莖部分繁殖材料用。如冬季挖收，把根莖埋於室內陰涼處，第2年春再分根栽種;如春季收穫，則隨挖、隨栽，把根莖分開為若干塊，每塊都帶有幾個芽眼，再按行株距30×20厘米於大田。山坡地採用此法栽種成活率較高，栽後同一般管理。
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