1、起麻後，麻種在室內斜光下晾36個小時。最好用小毛刷輕輕把種體上的大沙粒刷掉，以防損傷麻體。如麻種不經過晾曬，馬上裝筐，加之裡面混有腐爛麻、破損麻，且用濕木屑作填充料，造成筐內濕度大、溫度大、不通風，將天麻種大量（80%-90%）腐爛發霉。尤其是外皮碰傷的種，造成雜菌感染的機會比較多。
2、精心包裝。最好選用竹筐和木箱包裝。木箱板與板之間不要釘得太嚴，必要時箱底板和側板鑽些通氣孔。因為天麻種皮很嫩，一不小心就易碰傷，所以要精心包裝。裝麻前要檢查箱、筐的內側有無毛刺，有毛刺要及時除掉，防止扎壞麻種。包裝要鬆緊適度，防止天麻因鬆動產生摩擦或互相碰撞。裝筐時，先在筐的四周墊上1-2層包裝紙，在紙上單擺一層天麻，麻上再鋪一層紙，再擺麻，就這樣一層紙一層天麻，直至裝滿，上面蓋紙封蓋。小麻種應放在上層。用這種包裝法托運或隨身攜帶，經過3-4天的旅行，天麻的完好率在90%以上。
也可用菁苔（苔鮮）作填充物，一層青苔一層麻種（麻種不用晾曬），直至放滿筐，做到不鬆動，運回的天麻種完好率在90%左右。但這種麻種如果不馬上栽培，貯存的溫度超過10℃，爛麻比較嚴重。
3、防凍。如果天麻種從陝西漢中一帶運往遼寧、吉林、黑龍江等地，要注意防止凍害。在陝西漢中地區，若每年的霜降（10月24日）前後起麻，運輸到北方目的地要到10月末或11月初旬，如果包裝筐或包裝箱沒有防寒措施時，在筐或箱的四周加鋪5層厚的包裝紙。
4、要輕拿輕放，馬車、汽車要運行平穩，防止較大的振動，以防損傷麻種。
5、盡量縮短運輸時間。
6、在運輸途中，麻筐或箱要放在涼爽通風的地方，防止在悶熱或太陽暴曬之處久放。
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