中草藥在貯存保管中，因受周圍壞境和自然條件等因素的影響，常會發生霉爛、蟲蛀、變色、泛油等現象，導致藥材變質，影響或失去療效。因此必須貯存和保管好中藥材，以保證藥材的質量和療效。
（一）藥材的防霉：大氣中存在著大量的黴菌孢子，如散落在藥材表面上，在適當的溫度（25℃左右）濕度（空氣中相對濕度在85％以上或藥材含水率超過15％）以及適宜的環境（如陰暗不通鳳的場所）、足夠的營養條件下，即萌發成菌絲，分泌酵素，分解和溶蝕藥材使藥材腐壞，以及產生穢臭惡味。
因此，防霉的重要措施是保證藥材的乾燥、人庫後防濕、防熱、通風，對已生霉的藥材，可以撞刷、晾曬等方法簡單除霉，霉跡嚴重的，可用水、醋、酒等洗刷後再晾曬。
（二）藥材的防蟲： 蟲蛀對藥材的影響甚大，蟲害的預防和消滅，對於大量貯存保管的藥材倉庫，主要是用氯化苦、磷化鋁等化學藥劑熏蒸法殺蟲。對於藥房中小量保存的藥材，除藥劑殺蟲外，可採用下列方法防蟲。
1．密封法：—般按件密封，可採用適當容器，用蠟或血料封固，怕熱的藥材可用干砂或稻糠埋藏密封，貴細藥材，可充二氧化碳或氮氣密封。
2．冷藏法：溫度在5℃左右即不易生蟲，因此可採用冷窖、冷庫等乾燥冷藏。
3．對抗法：這是二種傳統方法、適用於數量不多的藥材。如澤瀉與丹皮同貯、澤瀉不生蟲、丹皮不變色，蘄蛇中放花椒，鹿茸中放樟腦，瓜蔞、蛤士蟆油中放酒等均不生蟲。
（三）藥材的其它變質情況
1．變色：酶引起的變色，如藥材中所合成分的結構中有酚羥基，則在酶作用下，經過氧化、聚台，形成了大分子的有色化合物，使藥材變色；如含黃酮類，羥基蒽醌類，鞣質類等藥材，因此容易變色。非酶引起的變色原因比較複雜，或因藥材中所含糖及糖酸分解產生糠醛及其類似化合物，與一些含氮化合物縮合成棕色色素；或因藥材中含有的蛋白質中的氨基酸與還元糖作用，生成大分子的棕色物質，使藥材變色。此外，某些外因如溫度、濕度、日光、氧氣、殺蟲劑等多與變色的快慢有關。因此，防止藥材的變色，常需乾燥避光冷藏。
2．泛油：泛油指含油藥材的油質泛於藥材表面以及某些藥材受潮、變色後表面泛出油樣物質。前者如柏子仁、杏仁、桃仁、郁李仁（含脂肪油）、當歸。肉桂（含揮發油）、後者如天門冬、孩兒參、枸杞等（含糖質）。藥材「泛油」，除油質成分損失外，常與藥材的變質現象相聯繫，防止「泛油」的主要方法是冷藏和避光保存。
此外，如中草藥由於化學成分自然分解，揮發、昇華而不能久貯的，應注意貯存期很。其它如松香久貯，在石油醚中溶解度降低，明礬、芒硝久貯易風化失水，洋地黃、麥角久貯有效成份易分解等。
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