在藥田中科學施用糞尿肥，能提高藥材的抗病能力，降低硝酸鹽含量，改善藥材的質量。但值得注意的是，如果直接在藥材植株上澆施糞尿肥，也會污染藥材，產生病菌傳播。因此，施用糞尿肥要得法。
施用前的處理。為了有效地殺滅糞尿肥中的寄生蟲卵和傳染性病菌，必須在施用前進行無害化處理。通常可採用高溫堆肥法和糞池密閉法。也可採用毒物處理法，即利用對寄生蟲及病菌有毒的物質處理糞尿肥，如每100公斤糞肥中加福爾馬林200毫升，封存1天或加50%敵百蟲片2克封存2天，也可加尿素1公斤封存3天。有條件的地方可將積肥與沼氣發酵相結合，最好施用經過轉化後的有機肥、沼渣。
採用溝、穴施肥。根據藥材植株大小、土壤濕潤狀況，施用腐熟的糞尿肥時需要對水稀釋，開溝或挖穴澆施，覆蓋泥土，防止肥料流失，提高糞尿肥的利用率。在藥材幼苗期追施糞尿肥，濃度要稀，用量要少，避免燒壞幼苗。此外，人尿中含有較高的食鹽，對忌氯藥材，如姜科的黃姜、沙姜、砂仁等不宜施用，以免影響產品質量。
忌用污水稀釋肥。污水中含有大量病菌、蟲卵、毒物和重金屬離子，容易誘發病蟲害，造成土壤污染，甚至影響後季作物。因此，不論是工業污水還是生活污水，凡未經無害化處理，都不能用作藥材地灌概及肥料對水。
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