針灸治病是採用獨特的針刺和艾灸等方法來達到其防治疾病的目的，具有調和陰陽、扶正祛邪、疏通經絡的作用。
調和陰陽
疾病的發生，從根本上來說是陰陽的相對平衡遭到破壞，出現偏盛偏衰的結果。對於這些臟腑經絡功能失常的病理變化，運用針灸方法則可以調理陰陽，補偏救弊，恢復陰陽相對平衡，促進陰平陽秘，保持精氣充沛，形氣相合，神氣內存。
針灸調和陰陽的作用主要是通過經絡腧穴配伍和針刺手法來實現的。例如：胃火熾盛引起的牙痛，陽熱偏盛，治宜清胃瀉火，取足陽明胃經腧穴內庭，針刺瀉法。
寒邪傷胃引起的胃痛，屬陽邪偏盛，治宜溫中散寒，取足陽明胃經腧穴足三里和胃之募穴中脘，針刺瀉法，並灸。
腎陰不足、肝陽上亢引起的眩暈，屬陰虛陽亢證，按著「陰病治陽，陽病治陰」的原則，治宜育陰潛陽，取足少陰腎經腧穴太溪，針刺補法；取足厥陰肝經腧穴行間，針刺瀉法。
脾陽不足引起的慢性洩瀉，屬陽虛陰盛，治宜溫陽散寒，取足太陰脾經腧穴陰陵泉等穴，針刺補法，並灸。
由於陰陽之間可以相互化生，相互影響，故治陰應顧及陽，治陽應顧及陰，在調和陰陽時，常採用「從陰引陽，從陽引陰」的方法，臨床上最常見的是運用募穴、背俞穴來調養臟腑的陽氣和陰氣。
扶正祛邪
疾病的發展過程，是正氣和邪氣的相互鬥爭的過程，正邪力量消長決定疾病的發展和轉歸，邪勝於正則病情加重，正勝於邪則病情減輕，因此，扶正祛邪是保證疾病趨向良性轉歸所不可缺少的。針灸治病，就在於能夠發揮其扶助正氣，祛除邪氣的作用。
針灸扶正祛邪的作用主要是通過針刺手法和腧穴配伍來實現的。例如：
在刺灸方面，針刺補法和艾灸都有扶正的作用；反之，針刺瀉法和刺血療法都有祛邪的作用。
在腧穴配伍方面，膏肓俞、氣海、關元、命門等穴，多在扶正時選用；十二井穴、十宣、人中等穴，多在祛邪時選用。
如見面色蒼白，大汗淋漓，四肢厥冷，脈微的虛脫證，治宜回陽固脫，急取關元、神闕，大艾炷灸之，並取足三里，針刺補法。如見高熱神昏，煩躁口渴，脈洪大而數的外感溫熱證，治宜瀉熱開竅，取十二井穴用三稜針點刺出血，再取大椎、曲池針刺瀉法。
扶正與祛邪，方法不同，但二者相互為用，相輔相成，既可先祛邪後扶正，又可先扶正後祛邪，或扶正與祛邪並用。一般以「扶正不留邪，祛邪不傷正」為原則，只有這樣，才能取得預期的療效。
疏通經絡
經絡系統遍佈體內，縱橫聯繫，交叉出入，溝通表裡，聯繫上下，構成人體氣血運行通路，維持人體正常生理功能。若由於種種原因，導致經絡不通，臟腑肢節失卻溫煦濡養，氣血閉阻，則會疾病叢生，或滯或瘀，或虛或實，或寒或熱，或氣血失和，或陰陽偏頗。針灸治病則可利用其「疏通經脈，調和氣血」的作用，根據經絡與臟腑在生理病理上相互聯繫，相互影響的機理，在經絡循行分佈路線和聯繫範圍內選取一些腧穴，進行針刺或艾灸，使經絡暢通，營運有度，氣血調和，陰陽平衡。
針灸疏通經絡作用同樣主要是通過經絡腧穴的配伍和針刺手法來實現的。以足陽明胃經為例：
足陽明經氣偏盛之牙齦腫痛，取本經內庭穴，瀉熱通經止痛；足陽明經氣偏衰的胃痛，可取本經足三里穴，溫通經絡補虛止痛；足陽明經氣逆亂，包括濁氣上逆的嘔吐，清氣不升的腹脹、腹瀉等。亦可取本經足三里穴，升清降濁，調和胃氣；足陽明經氣阻滯引起的股髀部疼痛、麻木，可取本經髀關、伏兔等穴，疏通經氣，暢和氣血。
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