針灸療法最早見於戰國時代問世的《黃帝內經》一書。《黃帝內經》說：「藏寒生滿病，其治宜灸」，便是指灸術，其中詳細描述了九針的形制，並大量記述了針灸的理論與技術。兩千多年來針灸療法一直在中國流行，並傳播到了世界。而針灸的出現，則更早。
遠古時期，人們偶然被一些尖硬物體，如石頭、荊棘等碰撞了身體表面的某個部位，會出現意想不到的疼痛被減輕的現象。古人開始有意識地用一些尖利的石塊來刺身體的某些部位或人為地刺破身體使之出血，以減輕疼痛。古書上曾多次提到針刺的原始工具是石針，稱為砭石。這種砭石大約出現於距今8000至4000年前的新石器時代，相當于氏族公社制度的後期，人們已掌握了挖制、磨製技術，能夠製作出一些比較精緻的、適合於刺入身體以治療疾病的石器，這種石器就是最古老的醫療工具砭石。人們就用"砭石"刺入身體的某一部位治療疾病。砭石在當時還更常用於外科化膿性感染的切開排膿，所以又被稱為針石或 石。《山海經》說："有石如玉，可以為針"，是關於石針的早期記載。中國在考古中曾發現過砭石實物。可以說，砭石是後世刀針工具的基礎和前身。
灸法產生於火的發現和使用之後。在用火的過程中，人們發現身體某部位的病痛經火的燒灼、烘烤而得以緩解或解除，繼而學會用獸皮或樹皮包裹燒熱的石塊、砂土進行局部熱熨，逐步發展以點燃樹枝或乾草烘烤來治療疾病。經過長期的摸索，選擇了易燃而具有溫通經脈作用的艾葉作為灸治的主要材料，於體表局部進行溫熱刺激，從而使灸法和針刺一樣，成為防病治病的重要方法。由於艾葉具有易於燃燒、氣味芳香、資源豐富、易於加工貯藏等特點，因而後來成為了最主要的灸治原料。
「砭而刺之」漸發展為針法，「熱而熨之」漸發展為灸法，這就是針灸療法的前身。
針法起源於我國南方，灸法起源於我國北方(見《黃帝內經?異法方宜論》)。隨著自2600 BC開始的對魯西豫東荒地的大開發，來自四面八方的移民紛紛湧入魯西豫東地區，使這一地區成為龍山文化時代(2600 BC-2000 BC)中國人口最多密度最大的區域。眾多人口產生了大量醫療服務需求，來自南方的針療法和來自北方的灸療法分別被南北移民帶入魯西豫東地區。魯西豫東地區古稱「東方」，《王制》：「東方曰夷」。所以針灸療法可以被視為我國古代東夷族的文化貢獻。這一點，《黃帝內經》有清楚的記載，其《異法方宜論》篇曰：「砭石者，亦從東方來。」全元起注《素問》曰：「東方之人多癰腫聚結，故砭石生於東方。」伏羲被古今學者公認為東夷族首領，因此，針法所用針具被體系化標準化為「九針」(參見本百科詞條「九針」)的功勞被歸於伏羲。《路史》之《後紀一》引《帝王世紀》：「太昊(伏羲)制九針，以拯夭枉。」不過，文獻也同時把這功勞歸於黃帝。《備急千金藥方》序言：「黃帝受命，創製九針。」這是因為伏羲和黃帝是同時代人，在位的時間很接近，所以把醫療器材標準化的功勞同時歸在這兩位帝王名上是說得通的(據《針灸甲乙經》作者皇甫謐在其史學著作《帝王世紀》中的記載，伏羲之都是今淮陽，而黃帝曾都於曲阜，這兩個都城都在魯西豫東地區)。查《三皇五帝年表》(另見本百科詞條「三皇五帝年表」)，伏羲在位時間是2400 BC至2370 BC，黃帝在位時間是2337 BC至2307 BC。所以，中國針灸療法和針具系列正式形成的時間在2400 BC至2300 BC這一百年間，地點在魯西豫東地區。
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