謹守病機、祛除病因、調暢氣機是陳寶貴教授治療胃脘痛的三個顯著特點，只有重建胃腸生理功能，患者方能諸症消失，且不易復發。
謹守病機
臨床遣方用藥，一直注重「謹守病機，各司其屬」。依病機不同採用「治胃八法」治療胃脘痛。肝氣鬱結者重用疏肝和胃，以柴胡疏肝散加減；胃陰虧虛者用養陰益胃法，方以益胃湯合芍葯甘草湯加減；脾陽虛弱者，用健脾溫胃法，方選黃芪建中湯合四君子湯加減；食滯胃腸者用化滯開胃法，方選保和丸加減；鬱熱犯胃者，用洩熱清胃法，方選化肝煎合左金丸加減；濕邪困阻者用祛濕健胃法，方選二陳湯加味；久病入絡者用化瘀調胃法，方選桃紅建中湯加減；心神失調者採用開竅醒胃法，方用自擬開竅醒胃湯加減治療，重用菖蒲、遠志開竅化痰醒胃。明辨病機，巧施經方，隨症加減，是治療胃病的關鍵。
治病求因
《素問·宣明五氣篇》說：「心藏神，肺藏魄，肝藏魂，脾藏意，腎藏志。」神、魄、魂、意、志是精神活動的不同表現，分別與五臟相關，故把心、肺、肝、脾、腎合稱為「五神髒」。陳寶貴認為五臟的生理活動，與人體的精神密切相關，反之亦然，即人體的精神直接影響五臟的生理活動。胃病者，性多思慮，臨床胃病患者往往伴有肝氣不舒，甚則失眠、抑鬱，故陳寶貴認為情志不暢是胃病的重要病因，不僅「胃不和則臥不安」，也有「臥不和則胃不安」，如屬後者，病因不除，病不可能得愈。遇有胃病伴有失眠、焦慮、抑鬱症狀者，陳寶貴強調注意患者的精神狀態，注重區別因果關係。如果主因情志所致的胃病，除了重用柴胡、郁金、佛手、香元等疏肝解郁藥，陳寶貴特別注意患者的情志調節，如可心理疏導的，無論門診再忙，也要跟患者溝通讓患者心情舒暢，改變心境；如心理疏導效不佳者，則輔以相關抗抑鬱藥或抗焦慮藥，患者精神症狀減輕的同時，胃病症狀常常也相應減輕。很多服用治療胃病中、西藥不效的患者，在調暢情志後病情都獲好轉或治癒。
調理氣機
脾主升清，胃主降濁，清升濁降則脾胃功能正常。胃炎患者常訴胃脘脹滿、噯氣、呃逆、排氣不暢，此是脾失升清，胃失降濁，氣機不暢所致。所以，重用理氣藥調理氣機是治療胃炎的關鍵。若肝郁氣滯者，選疏肝理氣藥，常用柴胡，砂仁；若痰阻氣滯者，則用化痰理氣藥，常用陳皮，竹茹。
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