目前，影響中醫院發展的因素很多，但筆者認為，當前亟待破解的主要有以下幾個方面。
農耕文化影響頑強
中醫藥學脫胎於中國傳統文化，這一文化是在農業自然的生產力發展水平基礎上形成的，以家族為單位，以血緣為紐帶的小規模農耕現象為特徵。這一基因遺傳給中醫藥學後，主要反映為以家庭宗族為行醫單元，以祖傳庭訓為授受手段，維護本家（醫）道尊嚴，使中醫走上秘而不宣、門派林立、理論割據、學人相輕之路，更為嚴重的是，這種農耕文化意識，在當今特別是基層中醫院裡還大有市場：疏於會診，三級醫師查房難以形成制度，病案討論缺乏民主氣氛，學術上論資排輩等。
在現代化醫療技術已向集約化、多學科、多領域協同救治疾病方向邁進時，這些落後的文化理念卻把中醫院的發展步伐向後緊緊攥住。
理論更新緩慢
受「崇尚過去」的中醫傳統文化價值取向影響，中醫藥學強調從過去的醫學理論和醫療行為中引出現行的醫療依據，典型的表現是：理必《內經》、《難經》，法必《傷寒論》，藥必《本草經》。有反叛精神的吳鞠通在他的《溫病條辨》裡論述溫病時，也只能抬出醫聖張仲景的桂枝湯來打「頭陣」，採用「舊衣妝新人」的方法來減輕傳統「行規」形成的壓力。
幾千年來，中醫藥傳統理論指導中醫醫療實踐到如今，儘管典籍多如牛毛，自清至今，在理論上有重大突破的卻並不多見。中醫藥理論的老化，致使中醫藥學缺乏符合時代節拍的發展指導思想，中醫院的發展也就很難掙脫這種「尚古順舊」思維的羈絆，從而使中醫院在「傳統」與「現代」間踟躕不前，近現代西方醫藥學崛起後，這一現象顯得尤為突出。
現代科技手段難以應用
一是老百姓不理解、不支持，他們對中醫藥的思維認識有自己的固定模式：理論上「陰陽五行」、診斷上只能是醫生主觀的「視、聽、嗅、觸」，製藥必然是「湯、罐、柴、灶」，藥形必定為「雜、多、黑、粗」，稍有現代色彩，即被認為非正宗中醫藥；二是中醫藥界的不少從業者，缺乏科研意識，對現代科技手段的認同度低，強烈的門閥意識，使中醫藥產出的科研成果難以推廣運用；三是現代科技手段應用時的指標，很難用中醫藥語言來描述，使用它既怕被病人說成「變味」，又恐同行斥為「叛逆」，只好束之高閣；四是有的現代科技手段和成果成本高，如小袋裝中藥配方顆粒，且不說其製作過程是否符合傳統炮製要求，單其價格就比同等中藥飲片貴一些，病人難以接受；五是有的現代中醫設備實用性不高，比如脈波描記器，無法準確對中醫脈學理論進行合理闡釋。
「科學技術是第一生產力。」在中醫院的發展進程中，不僅需要中醫藥界跨越自身的許多障礙，還必須要有廣泛的民眾認同基礎，沒有他們的理解和支持，中醫藥現代科學技術成果將無法推廣運用，中醫院的發展也只能是一句空話。
管理功能不到位
沒有規範和權威的，具有中醫藥特色的中醫院管理理論體系，各地對中醫院的管理，仍沿襲西醫藥學的管理原則來指導中醫院的管理實踐。管理系統不完善，政令難以到位，指揮系統不暢，管理人員素質參差不齊，缺乏既懂中醫又懂現代醫學知識和管理知識的複合型人才，西醫領導中醫院的現象十分普遍。
管理的目的就在於通過整體把握，科學分解，組織綜合，使系統的整體效能大於各子系統效能的總和，即「管理出效益」。如果把中醫院置於有中醫藥特色的管理體系中去，中醫院的各子系統的功能反應，將會對中醫藥事業發展產生加倍效應。反之，沒有一個健全、過硬的中醫藥體系管理團隊，中醫院就只能裹足不前。
中藥質量問題突出
道地藥材越來越少，代用品越來越多，假劣藥材充斥市場；人工家養藥材因追求高產而濫施化肥、農藥，致使中藥裡有害成分增加而藥用成分減少；中藥炮製手段粗製濫造，傳統炮製工藝正在消失，現代製藥手段違背了中藥炮製學原理的初衷；生態環境破壞，可供中藥資源逐漸減少，食品、輕工、機械等行業與中醫藥行業爭奪原源，使本來緊缺的中藥更趨短少；中藥種植缺乏整體規劃，時而過剩，造成濫市，時而供不應求，影響臨床用藥；種植成本增加，中藥價格攀升，新型急救中藥雖在臨床出現，但不少是幾倍或十數倍於同類西藥價格；絕大多數的常用中藥仍停留在「罐罐藥」水平上，服用極不方便。
「振興中醫，必先興藥」，中藥質量問題已影響到中醫的療效，中藥在使用上的繁瑣，讓病人「敬中醫而遠之」，使中醫失掉不少行之有效的功能。
理論與實踐脫節
以現行中醫院校教科書為例，其《方劑學》中所列方劑，真正能在內科臨床使用的比例較低。換言之，中醫藥基礎理論對中醫藥臨床學科的指導性不強，中醫也就有了「理論醫生」、「看病醫生」之說，口若懸河的醫生，不一定會患者盈門，而很多門庭若市的醫生常常是口辭謇訥。理論醫生的理論，缺乏必須的實踐依據，看病醫生的實踐經驗，上升不到具有指導性的理論高度，這幾乎成了中醫藥學術界的一大「特色」。
理論與實踐的脫節，使二者均處在十分尷尬的境地，理論成了空中樓閣，實踐好像無本之木，很多中醫藥絕活、絕招由於沒有理論作支撐，往往是「人逝經驗絕」。由於理論與實踐脫節，中醫院校學生對傳統中醫理論的科學性、合理性、指導性越來越持質疑態度，中醫（院）陷入「羅生門事件」越來越頻繁，長此以往，青年中醫必定會對中醫藥事業喪失信心，中醫院的未來也就很難看到希望。
市場經濟挑戰
市場經濟的一個重要特徵就是市場調節的自發性，而市場調節主要通過價值規律、供求規律來實現。現在的中醫院依然家底薄，技術設備相對落後，不論是競爭實力還是競爭手段都無法與現代綜合醫院「抗衡」。實行市場經濟後，政府的政策取向，資金投放、指令下達越來越趨向於「效益（包括社會效益）化」，以中醫院為代表的中醫藥事業想走靠政府扶持的路子將越來越窄。市場經濟雖然給中醫院發展提供了平台，同時也抽掉了扶持的枴杖，隨時面臨著市場經濟的挑戰。
如何更新觀念，突出中醫藥特色，提高診治手段和臨床效驗，加強科學成果的技術轉化，提高中醫院臨床和管理工作科學化、現代化含量，取得社會的認同和支持，是市場經濟向中醫院發展提出的嚴峻挑戰。解決好這些難題，中醫院必將迎來更加光明的前景。
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