《內經》對人體認知活動過程的認識較為深入，其中以《靈樞·本神》最為詳細，其云：「所以任物者謂之心，心有所憶謂之意，意之所存謂之志，因志而存變謂之思，因思而遠慕謂之慮，因慮而處物謂之智。」下面結合《內經》原文敘述如下。
「所以任物者謂之心」：任，擔當、接受之意。任物，是指心（神）接受外物的刺激或信息，擔任認識與分析，並作出反應。此「心」即「神明之心」。由於「心」感知、接受外界的信息，是接受外界信息的總匯，形成各種形象的、感性的認識，因此，是思維活動的起點和基礎，兼有意識類活動的主宰和思維活動的起點的雙重作用。
「心有所憶謂之意」：張介賓註：「憶，思憶也。謂一念之生，心有所想而未定者，曰意。」因此，意包括思憶和意念兩種含義。意為心經過接受事物的信息，並與以前的記憶、經驗一起綜合分析，從而產生了某種思想萌芽，但尚未肯定的思維活動。
「意之所存謂之志」：存，定也，留也。志，按《荀子·解蔽》「人生而有知，知而有志。志也者，藏也」。「志」當指記憶，記憶意味著藏。由於意有記憶的含義，如果將「意」理解為人的短期記憶，則「志」所表達的是屬於人的長期記憶。同時，張介賓《類經·藏象》「意已決而卓有所立者，曰志」。而《靈樞·本神》將「志」表述為「意之所存謂之志」，即是一種決定了的意向，並能存之內心，堅定不移。因此，「志」有兩方面的含義：一是表示長期記憶；一是表示志向。現代心理學將「意志」相連，既表達了形象的、感性的意識轉化為短期記憶、長期記憶的過程，又表達了思維活動的一種指向性和持續性，即意志決定著初級的認知活動中，哪些可以儲存，哪些可以捨棄，是屬於認知活動的高級階段，並為人類所獨有。《內經》對「意志」是用「志意」來表達，但其含義是一致的。「志意」對所有的精神活動均可產生影響，正如《靈樞·本髒》所說：「志意者，所以御精神，收魂魄，適寒溫，和喜怒者也。」又說：「志意和則精神專直，魂魄不散，悔怒不起，五臟不受邪矣。」強調其不僅影響、控制人的注意力，而且影響人的本體意識、情緒等精神活動，甚至將「志意」作為高級精神活動的代名詞，認為其可以主宰人的形體等活動。如《素問·五臟別論篇》云：「凡治病必察其下，適其脈，觀其志意，與其病也。」《素問·湯液醪醴論篇》言「精神不進，志意不治，故病不可愈」等，均是此意。
「因志而存變謂之思」：變，改變，變更。嗯，思考。為達到目的，要反覆思考，調整和變更行動的計劃和方法，這個過程需要「思」。「存變」是對原有的思維、認識的反覆計度、權衡。
「因思而遠慕謂之慮」：慮，即謀慮、顧慮。張介賓註：「深思遠謀，必生憂疑，故曰慮」，指對事物進行多方分析，深思遠慮，即有遠見之謂。思、慮的含義在《內經》中有所不同。一方面，《靈樞·本神》言「因志而存變謂之思，因思而遠慕謂之慮。」「存變」是對原有的思維、認識的反覆計度、權衡，「遠慕」則是展開的由此及彼的聯想、推測，楊上善《太素》謂：「專存之志，變轉異求，謂之思也。變求之思，逆慕將來，謂之慮也。」可以認為思、慮是在早期形象思維的基礎上，所形成的抽像思維活動。因此，認為思、慮是作為一種思維活動，是以意、志為主體，在有意、志的基礎上，圍繞意、志展開，因此，思、慮之於意、志具有從屬性，其指向和存在的狀態受意、志的控制，同時又是思維活動的進一步深化，是屬於認知活動更高級的階段，張介賓《類經》註：「因志而存變，謂意志雖定，而復有反覆計度者，曰思…深思遠謀，必生憂疑，故曰慮」。另一方面，思、慮又有屬於情緒範疇的含義，如《素問·舉痛論》認為「思則氣結」，《素問·陰陽應像大論》認為「思傷脾，怒勝思」，《靈樞·本神》亦言：「是故怵惕思慮者則傷神，神傷則恐懼。」將思慮與喜、怒、悲、憂並列，認為它是人體七情之一。
「因慮而處物謂之智」：智，智慧。因對未來已經作了周密思考，各種利弊得失均已考慮在心，因此，付諸行動時便能做到有備而來，成功的可能性便很大，從而顯出智慧。本篇雖然將智與心、意、志、思、慮一系列思維活動相並列，但「智」卻並非嚴格意義上的思維活動，它是指人在具備完整、縝密的一系列思維活動之後所達到的一種處理事物的最佳狀態，是人在進行一系列完整的思維活動之後將個人的認知反饋於外界的過程，正如楊上善《太素》謂：「智，亦神之用，因慮所知，處物是非，謂之智也。」一般情況下，「智」並非人人皆可達到，張介賓謂：「疑慮既生，而處得其善，曰智」，因此，在《內經》中，「智」多是智慧、睿智的代稱，並不屬於思維活動。如《素問？陰陽應像大論》云：「智者察同，愚者察異，愚者不足，智者有餘。」《靈樞·本神》謂「故智者之養生也，必順四時而適寒暑，和喜怒而安居處，節陰陽而調剛柔。」
綜上，《內經》認為，人的認知活動統領於心，實則這也正是中醫「心主神明」理論的一個反映。其認知活動的過程是：心接受外物的刺激，進行識別、記憶、分析；將事物的信息，與以前的記憶、經驗一起綜合，從而產生某種意念；意念確定謂志；有了既定目標，又於變中推求、分析思考為思；深思遠慮、綜合比較為慮；結論已定，達到最佳的處理事物的狀態為智。對外界事物有正確的感知和分析，並進行正確的處理，是人類異於動物而進入文明社會的標誌，而其中意志有主動控制精神活動、適應外界環境、調節臟腑生理的作用，它對於臟腑精氣的這種反作用為人類所特有。《內經》的這種認識，為中醫調心攝神養生與防治疾病提供了理論依據，也對臨床診斷治療心身疾病，以及中醫心理學研究與發展有重要的指導價值。
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