何謂臟腑？《內經》對臟腑概念的認識為後世乃至現今的中醫學理論所遵循。首先，認為臟腑應在人體內部，具體而言是位於胸腹之內，如《靈樞·脹論》云：「臟腑之在胸脅腹裡之內也，若匣匱之髒禁器也。」其次，臟腑均有一定形態，如《靈樞·經水》說：「其髒之堅脆，腑之大小……皆有大數。」其形態的紀錄可見於《靈樞·腸胃》及成書稍遲的《難經·四十二難》等篇章中。其三，臟腑的功能有別。髒以藏為主，所藏之物包括精氣、血氣及神氣；而腑則以傳化為主，所傳化之物包括水谷和津液等。髒為陰，腑為陽。如《靈樞·本髒》說：「五臟者，所以藏精神血氣魂魄者也。六腑者，所以化水谷而行津液者也。」其四，臟腑各有一條自己的經脈。因而也才有《素問·經脈別論》「太陽髒」、「太陰髒」的稱呼。同時《內經》認為「髒」為人體根本，人體有著以「髒」為中心，按其功能活動上的一定規律，一定層次進行聯繫的，包括腑、體、竅、華在內的功能活動系統。具有這樣含義者才可稱為「臟腑」。臟腑的這一概念，在《內經》中佔有主導地位，並被後世廣泛地運用著，至今仍指導著中醫的發展。
《內經》還存在著臟腑的另一種概念，即「形臟腑」概念，雖然它屬於區分臟腑、確定臟腑的早期產物，現已不再使用，但又確實廣泛存在於《內經》及注家注本之中，應為《內經》時代一派醫家的學說，所以學習中醫者、欲研究《內經》者及欲瞭解中醫理論形成者則不可不知。
《內經》提出了「形髒」概念，如《素問·三部九候論》說：「形髒四，神髒五，合為九髒以應之。」與此說相類似的還可見於《素問·六節髒象論》等篇。神髒，主要指心肝脾肺腎，似無可爭議。而對形髒的理解則有很大不同，王冰謂：「形髒四者，一頭角，二耳目，三口齒，四胸中也。形分為髒，故以名焉。」而張志聰註：形髒者，髒有形之物也，「胃與大腸小腸膀胱也」。後世多宗張說，如《素問註釋薈萃》、《黃帝內經素問校釋》等。其實從《素問·三部九候論》所說「一者天，二者地，三者人，因而三之，三三者九，以應九野。故人有三部，部有九候」，以及「三部者，各有天，各有地，各有人，……合則為九，九分九野，九野為九髒，故神髒五，形髒四」來看，這裡的九髒當指三部九候所候之臟器無疑。而該篇又說：「故下部之天以候肝，地以候腎，人以候脾胃之氣」，中部「天以候肺，地以候胸中之氣，人以候心」，上部「天以候頭角之氣，地以候口齒之氣，人以候耳目之氣」。可知九髒當指肝、腎、脾、肺、胸中、頭角、口齒、耳目。九髒之稱早在《內經》之前就已存在，如《周禮·疾醫》曰：「兩之以九竅之變，參之以九髒之動。」至於為什麼叫形髒，王冰講得較明確，他說：「所謂形髒者，皆如器外張，虛而不屈，含髒於物，故雲形髒也」，「形分為髒，故以名焉」。很明顯，所謂形髒就是指形在外，直觀且又藏蓄精氣之類。故其髒概念與現今不同。屬於這類概念的臟腑《內經》中有其例，如《素問·脈要精微論》云：「夫五臟者，身之強也。頭者精明之腑……背者胸中之腑……腰者腎之腑……膝者筋之腑……骨者髓之腑……得強者生，失強者死。」對於此文中的「五臟」，歷代注家多釋為五神髒，而李今庸《讀古醫書隨筆》則持不同見解，認為此段的五臟用的是形臟腑的概念。《素問·診要經終論》在談臟腑主時時，用五神髒加上頭，各主兩月，這一現象以五行理論是解釋不通的，其實這正是把形髒頭混入五臟之中，五神髒與形髒並列而不分的一個反映。這種現象說明當時臟腑概念尚不完善，還較混亂。這一點也可用下例為證，《淮南子·卷七·精神訓》在談五臟與天氣相應時說：「膽為雲，肺為氣，肝為風，腎為雨，脾為雷。」而《淮南子·卷四·墜形論》在談五方五色與臟腑相配時則把肝心肺腎胃同列。這也正是把腑膽、胃混入五臟中，髒、腑並列而不分的反映。
「形腑」一詞，雖然《內經》原文中未出現，但《素問·脈要精微論》中的背、膝、腰之類則是它的應用。明確提出「形腑」者，當推王冰，他在注《素問·氣穴論》「腑俞七十二穴」時說：「腑，謂六腑，非兼九形腑也。」九形腑為何？筆者尚未從文獻中查到，但從名稱可知，它同形髒的概念大體屬一類，均指人體的身形部分。九髒是根據人應九野而來，九形腑亦當是人體身形應九野的分類，據《靈樞·九針論》所述：「請言身形之應九野也，左足應立春，其日戊寅己丑。左脅應春分，其日乙卯。左手應立夏，其日戊辰己巳。膺喉首頭應夏至，其日丙午。右手應立秋，其日戊申巳未。右脅應秋分，其日辛酉。右足應立冬，其日戊戌己亥。腰尻下竅應冬至，其日壬子。六腑膈下三髒應中州，其大禁，大禁太一所在之日及戊己。」我們認為，所謂九形腑可能就是本篇所說的應於東北方艮宮的左足、應於正東方震宮的左脅、應於東南方巽宮的左手、應於正南方離宮的前胸以上部位、應於西南方坤宮的右手、應於正西方兌宮的右脅、應於西北方乾宮的右足、應於正北方坎宮的腰至下竅部位以及應於中宮的腹部。
《素問·五臟別論》的「五臟六腑」不同於《內經》其他篇章的「五臟六腑」，其中缺膽，因膽屬於「藏而不瀉」的奇恆之腑，而不在傳化之腑之中。既然如此，那麼此「六腑」包括什麼呢？除該篇點名之「胃、大腸、小腸、三焦、膀胱」五腑外，按該篇經文本義，當有魄門。從文字看，緊接「傳化之腑」句下即論魄門，概念是統一的；從功能看，魄門使「水谷不得久藏」，亦符合「傳化物而不藏」的六腑概念，故於鬯在《香草續校書》指出：「魄門亦為傳化之腑之一，合為六腑。」魄門為腑之一，實則正是「形臟腑」概念的運用。
《內經》「形臟腑」的概念現已不再使用，我們認為它屬於區分臟腑、確定臟腑的早期產物，因其不完善、較混亂，且把表現於外的器官及身形部位也定作臟腑，不符合在《內經》中佔有主導地位的臟腑定義，因而未被後世所重視。《素問·五臟別論》開篇就論述了當時方士對臟腑概念認識不一、混亂的情況，說「黃帝問曰：余聞方士，或以腦髓為髒，或以腸胃為髒，或以為腑。敢問更相反，皆自謂是。不知其道，願聞其說。」就如同奇恆之腑概念一樣，形臟腑概念也是當時一派醫家的認識，屬於臟腑概念發展過程中某一階段的產物，也是《內經》時代關於臟腑概念的各家學說。
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