不搞玄學，以事實說話
程莘農在中醫針灸臨床時，強調要在中醫經絡理論等基礎理論指導下進行辨證、立法、處方、選穴，強調理論結合實際，以事實為依據，對中醫針灸、經絡腧穴進行研究，不搞玄學。
在中醫基礎理論文獻研究方面，「繼承不泥古，創新不離宗」、「去偽弘真」是程莘農文獻研究的一個鮮明出發點。比如，他在研究《內經》時，重點對《內經》運用針灸治病的情況，用統計學的方法進行了分析。結果顯示：
《內經》中有針灸處方412個，這就證明了徐靈胎所說的：「『靈素』兩經為針法研者，十之七八，為方藥研者，十之二三。」確實不謬。而在對《內經》中的這400多個針灸方子進行分析之後，發現以循經取穴的為數最多，其次是以痛為俞的處方、專病專方和對證專方，其餘均不足10個。在循經取穴的處方中，由於經脈的循行、功能，經脈與相應臟腑的連屬，以及經脈之間的陰陽表裡等關係，故又有各種不同的取穴配伍形式。在循經取穴的處方中以取單經的為數最多，在取單經的處方中又以取本經的多。在取多經的處方中，以除表裡經和同名經而外的兩經或兩經以上同用的為數最多。
再對《內經》所收的針灸處方進行進一步的研究，根據取穴配伍方法不同可分為兩類，其中循經取穴的處方又有不同的取穴配伍形式，可見《內經》的針灸處方是靈活多變的。
在文獻研究方面如是，在中醫經絡學研究方面，程莘農更是注重客觀事實，以事實來證明經絡的存在和經絡的循行路線、腧穴的定位和主治作用。
早在上世紀60年代，程莘農即開始對經絡展開研究，在對中醫經典文獻研究的基礎上，開展臨床經絡敏感現象的研究。他在解放軍262醫院的協作下，完成的 「體表循行81例研究」是我國早期經絡研究的佳作之一。將測驗的64例經絡感傳路線和《內經·經脈》篇對照，其循行路線基本和《內經》一致，專家將其研究報告論證後，得出了經絡是客觀存在的結論。
上世紀70年代，他開始主持循經感傳的研究工作，證明了循經感傳的體表循行路線與古典醫籍記載基本一致，為經絡的存在首次提供了結果明確的客觀證明，引起國際學術界的極大震動，並為現代生物學理論提出了新的課題。上世紀80年代起，程莘農主持了由衛生部牽頭的、全國幾十所院校和單位參加的「循經感傳和可見的經絡現象」的研究。從人群普查、各種生物學指標研究以及現代物理學（如聲、光、電、熱、磁、核等）研究等方面進一步證明了經絡的客觀存在。
「八五」期間，經絡研究又被國家科委列為國家重大基礎科研攀登計劃，程莘農被國家科委聘為首席科學家主持該項研究。
在腧穴研究方面，他積極參加世界衛生組織國際標準「針灸穴名」研究工作，對腧穴的名稱、意義、部位無不一一考核。程莘農根據其研究成果與著名針灸學家楊甲三教授合作撰寫出《經絡、腧穴研究》、《十四經穴點穴法》，後者被拍攝成電影，於1985年由科技電影廠攝制發行，並獲衛生部科技二等獎。
弘揚針灸，讓針灸走向世界
20世紀90年代針灸在國際上影響力迅速提升，也是程莘農在國際舞台最活躍的10年。許多國外機構都聘請他。凡是對針灸發展有利的事，程莘農都盡力去做，心中只有一個信念——走出去，傳揚針灸。
他奔走於國內外，或是講學，或是考察，或是開會，或是應特別邀請出診，他的足跡遍佈美國、法國、英國、意大利、德國、日本、菲律賓等數十個國家。所到之處，便是他傳揚針灸的舞台。
程莘農積極倡導和參與世界衛生組織的《針灸腧穴與部位》規範化工作，對腧穴的名稱、意義、部位等一一考據，對循行次序穴名的排列以及部位的確定等，在不同的國際研討會陳述己見，主張創新，反對異化。據程莘農回憶，有一次在日內瓦，有30多個國家的學者參與的一次會議中，爭論激烈，程莘農對一個代表小視中國的言論給予了有力回擊，最後贏得了多數代表的贊同。
大醫精誠
改革開放之後，程莘農的臨床工作更加繁重。每天6點就開始給病人看病，往往等到8點鐘別的大夫正式上班的時間，他已經完成了幾撥病人的治療。那時候，他每個上午的門診量就能達80多人次。程莘農在數十年的從醫生涯中，診治患者數十萬人次，累積的病例單張摞起來與身高相齊。
程莘農以「大醫精誠」為座右銘，畢生重視醫德修養，認為「天下萬事，莫不成於才，莫不統於德，無才故不得以成德，無德以統才，則才為跋扈之才，實足以敗，斷無可成。」他對病人態度和藹，診療細心，一針一灸均親自操作，全神貫注，心無旁騖，常能力起沉痾。
程莘農將自己寶貴的針灸學術經驗，通過師徒傳承、家族傳承、院校傳承、工作傳承、培訓班傳承和國家指定學術傳承等方式，毫不保留地傳授給了數以千計的學生弟子們。以程莘農為代表的程氏針灸，在2010年成功入選北京市第三批非物質文化遺產保護項目。
程氏三才法，是程氏針灸的技術基礎，在此基礎上，程氏針灸的傳人根據自己的個人興趣不同，在程莘農指導下，分別在不同領域，使程氏針灸的診療技術得到了拓展，充實了程氏針灸的學術內涵，形成了「程氏消渴三調法」、「程氏養血潤明法」、「程氏四關調神法」、「程氏四步調經法」、「程氏強體增視法」、「程氏五技祛痛法」等程氏特色診療手段和技術。
程莘農取得的成就，取得了業界同仁和政府部門的充分肯定，1994年程莘農成為中國針灸界的首位工程院院士，1998年被聘為中央文史館館員，2009年獲得首批「國醫大師」稱號，2010年「中醫針灸」成功申請世界非遺項目，程莘農是四個代表性傳承人之一。
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