《黃帝內經》的成書標誌著中醫學理論體系的建立，其中《黃帝內經》學術體系是其關鍵。《黃帝內經》主要圍繞人的健康、疾病進行闡述，形成了有關人的生命規律及其醫學應用的知識和理論，而這些知識和理論的形成，必有古代自然科學、社會科學等方面的知識和方法的滲透與影響，它既是醫學理論形成的基礎，也是《黃帝內經》學術體系的有機組成部分。因而，《黃帝內經》學術體系結構主要包括醫學理論和醫學基礎兩部分。
醫學理論
《黃帝內經》學術體系醫學理論的內容，基本上可以由歷代醫家對《黃帝內經》內容的分類來概括。在分類研究《黃帝內經》的諸注家中，具有代表性的有：唐代楊上善《太素》分19類，元代滑壽《讀素問鈔》分11類，明代張介賓《類經》分11類、李中梓《黃帝內經知要》分8類，清代沈又彭《醫經讀》分4類，雖繁簡精粗不同、類別間有出入，但大體可以概括《黃帝內經》醫學理論的內容。經過繁簡修合、綱目條貫的整理，主要內容如下：
藏象：是研究臟腑經脈形體官竅的形態結構、生理活動規律及其相互關係的理論。是《黃帝內經》學術體系的核心。「像」，指外在的生命現象，既包括有形可見的軀體肢節臟腑血脈的形象及其動態變化，又包括各種無形的生理、精神現象；「藏」，是指藏於體內有形、無形的臟腑、經絡、精氣神及其永不休止的活動。藏象學說的內容主要包括臟腑、經絡、精氣神。同時，人的活動與天地自然、社會人事密切相關，因而人們在探索人體生命活動時，又將它們聯繫在一起進行研究，因而也成為藏象內容的有機組成部分。
疾病：論異常的生命活動，有兩部分內容：一是病因病機。病因即生病的原因。病機是闡述疾病發生、發展變化及轉歸的機理和規律，其內容包括發病、病理、傳變等。其中的病理，主要論述病變的機理，如表裡出入、寒熱進退、邪正虛實等的具體病變機理。二是論疾病的概念、分類及其臨床表現，即病證。《黃帝內經》論疾病多以「疾」、「病」、「候」表述，個別之處提到「證」，與候同義。《黃帝內經》論疾病重其整體機能異常和階段變化性質，後世概括為「證候」，體現了中醫學疾病學理論的特色。
診法：論疾病的診斷方法，包括疾病的診斷原理、診察方法與判斷法則。《黃帝內經》深刻地闡述了中醫的診病原理，主要是創造性提出望聞問切與四診合參的直觀察驗的疾病診察方法。此外，在疾病判斷法則方面，《黃帝內經》的特點是以「審察病機」為中心的審機論病，並體現在疾病的臟腑分證、經絡分證、病因分證等，實為後世「證候診斷」之源。
論治：《黃帝內經》除了闡述天人合一、心身一體以及治未病等治療思想外，主要闡述治療原則和治療方法。治療原則，是指導治法、療法的準繩和法則，如治病求本、調節陰陽、因勢利導等。治療方法又有無形的方略技巧與有形的處理措施之別，前者稱治法，如解表清裡、理氣活血等；後者稱療法，如藥物療法、針灸療法、飲食療法、精神療法等。《黃帝內經》記載了多種療法，並論述了它們治病原理、使用方法與宜忌等。《黃帝內經》論治內容豐富，形成了完整的論治體系。
養生：即頤養生命，包括兩方面內容：一是無病之攝養，目的是健身緩老與防病。在對疾病和衰老的認知基礎上，《黃帝內經》確立了「治末病」養生思想，並提出外以避邪、內以養正的原則和多種養生方法，建立了中醫學獨特的養生學說。二是病後康復。
以上內容，未將陰陽五行與運氣學說包括於內。陰陽五行，是戰國秦漢占主流的哲學，是中國古代自然科學的認識論、方法論。在《黃帝內經》學術體系之中，它雖然含有具體的醫學內容，但其主要作用也是論證和規範醫學知識與理論的方法學工具，因而未列入醫學理論，而是將其劃歸於醫學基礎的哲學部分。運氣學說，不僅討論氣候變化規律同生物生存、人的生理病理關係，也探索論治、方藥原理與原則，還富含藏象、病機、病證、診法與攝生等內容，屬於綜合性理論，宜作專題研究，非醫學理論固有組成部分。
醫學基礎
《黃帝內經》學術體系的醫學基礎，無論其固有內涵、表述方式，還是其研究方法、形成過程，廣泛涉及中國古代傳統科學的各個領域，主要包括哲學、天文曆法、氣象學以及社會學等。
哲學：在戰國秦漢時期，科學技術處於萌芽時期。在醫學領域，對於動物和人體器官、組織，即使解剖也難以完全瞭解其機能，更難以將實質器官、組織與生命現象完全結合起來，醫學研究只能在日常生活和醫療實踐基礎上，借助自然哲學進行，因而精氣、陰陽、五行等學說，不僅成為《黃帝內經》學術體系的方法學基礎，滲透到中醫理論的各部分，而且還借助其哲學術語表述醫學概念。具體而言，哲學的作用，一是引導醫療活動的指向，賦予醫學觀察和醫療實踐以特定內容；二是約定醫學概念獨特內涵及其表述方式；三是建立推理體系、理論模型。
天文曆法、地理學、氣象學：人生天地之間，氣交之中，在廣泛的時空條件下受著自然力量的制約，因而人類必須瞭解自然、把握自然，進而順應自然、利用自然，為自身的生存和發展服務；同時，中醫學是一門應用學科，它的建立、發展和成熟，也有賴於其他學科，成為醫學理論形成和建立的基礎。
社會學：《黃帝內經》中許多篇章闡述了古代社會與醫學起源、發展情況。隨著社會發展，私有制的建立，經濟、政治、文化交往增多，疾病也漸致複雜，單純的湯液醪醴不能適應臨床需要，於是發展成為多種劑型、多種治法。此外，《黃帝內經》還有大量社會經濟狀況、風土習俗、人情心理以及社會地位變遷等及其與疾病關係的記載，並貫穿於病因、發病、診斷、治療、養生諸學說之中。它將人與社會生存環境的失調作為重要致病因素，豐富了中醫病因學理論；它重視在疾病防治過程中糾正社會性致病因素，並以此作為疾病防治的重要原則，完善了中醫學疾病防治理論，為中醫學社會心理醫學模式奠定了理論基礎。另外，農學、數學、物候學等，對《黃帝內經》醫學理論的形成均有著重要影響，也是其學術體系形成的基礎。
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